Urodził się 5 grudnia 1938 w Chorzowie. Ukończył Liceum Sztuk Plastycznych w Krakowie, a w latach 1952-57 studiował na Wydziale Malarstwa krakowskiej Akademię Sztuk Pięknych, dyplom pod kierunkiem Emila Krchy uzyskał w 1963 roku. W latach 1976-79 był pedagogiem na macierzystej uczelni. Od 1979 roku wykłada na poznańskiej PWSSP (od 1996 roku ASP). Jacek Waltoś był współzałożycielem krakowskiej grupy Wprost, brał udział we wszystkich (20) jej wystawach i jako jeden z jej członków otrzymał w 1967 roku Nagrodę Krytyki Artystycznej im. C. K. Norwida, a w roku 1984 Nagrodę Muzeum Archidiecezji Warszawskiej. Jest też laureatem nagrody Komitetu Kultury Niezależnej "Solidarność" za serię obrazów Płaszcz Miłosiernego Samarytanina (1984), nagrody im. J. Cybisa (2002) oraz nagrody im. Alby Romer-Taylor za twórczość w sztuce sakralnej. W 2006 roku otrzymał Nagrodę ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego. W latach 1975-79 prowadził galerię Pryzmat w Krakowie. Zrealizował do tej pory kilkadziesiąt wystaw indywidualnych oraz uczestniczył w licznych wystawach zbiorowych. Jego prace znajdują się m.in. w Muzeach Narodowych w Krakowie, Wrocławiu, Warszawie, Poznaniu, Muzeum Sztuki w Łodzi oraz w licznych kolekcjach prywatnych w kraju i za granicą.